纽约的历史较短，只有300多年。最早的居民点在曼哈顿岛的南端，原是印第安人的住地。1524年意大利人弗拉赞诺最早来到河口地区，1609年英国人哈得孙沿河上溯探险，该河便以他的名字命名。

1626年荷兰人以价值大约60个荷兰盾（相当24美元）的小物件从印第安人手中买下曼哈顿岛辟为贸易站，称之为“新阿姆斯特丹”。

1664年，英王查理二世的弟弟约克公爵占领了这块地方，改称纽约（即新约克，英国有约克郡）。1686年纽约建市。独立战争期间，纽约是乔治•华盛顿的司令部所在地和他就任美国第一任总统的地方，也是当时美国的临时首都。1825年，连接哈得孙河和五大湖区的伊利运河建成通航，以后又兴建了铁路，沟通了纽约同中西部的联系，促进了城市的大发展。

到19世纪中叶，纽约逐渐成为美国最大的港口城市和集金融、贸易、旅游与文化艺术于一身的国际大都会。  纽约历史在欧洲最初殖民北美洲之时，勒纳佩族族人一直居住于此区域，1613年荷兰人于此地建立了新阿姆斯特丹（New Amsterdam）和新荷兰（New Netherland）。

1640年，彼得•斯特伊弗桑特被任命了州长，1652年，此殖民地被授予自治权。1664年，英国征服了此殖民地和把它改名为新约克（New York），因为英国早前就已经有城市被名为约克（York）。荷兰人后于1673年8月收复此殖民地，给城市改名"新桔子"（New Orange），然后在1674年11月此殖民地就永久地被割让给英国。

英国重夺此殖民地后，把它再次更名为纽约市（City of New York），并且把它包围著，不许它发展，终于New York Campaign爆发，这是美国革命战争早期的一系列的主要争斗，以后，纽约市一直续继被英国管理，直到战争结束，是最后一个英国搬离的港口。

根据美国宪法大会，1788年9月13日，纽约市曾是新形成的美国的临时首都，直到1790年。1825年伊利运河开始运作，纽约市的经济亦有所增长，成为一个经济中心。

美国内战期间，纽约市有不少动乱和混乱的情况出现，如纽约黑帮（Gangs Of New York），和1863年的征兵暴动（New York Draft Riots）等等。其中一些成了美国史上伤亡最惨重的暴动。

1904年，纽约市的一系列新运输一一开始运作，最著名的有纽约地铁，它们帮助巩固纽约市。欧洲的大量移民为社会带来大变动，而反资本主义的工会IWW（Industrial Workers of the World）则被抑制了。后来， 在1920年代，大量非裔美国人从美国南部迁移至纽约市，而一些人开始造摩天大楼。

大萧条期间，纽约市亦有受苦，第二次世界大战时，纽约市亦起了重大的作用。

大战以后，纽约市成了主导世界的城市。