圣保罗教堂 (St.Paul's Church)由葡萄牙将军Duarte Coelho建立，它与圣地亚哥城堡同时建成，与城堡用的是同一种建材，也是欧洲人在东南亚修建的最古老的教堂。几经战乱，现已面目全非。

圣保罗教堂位于马六甲河口的升旗山(又名西山，满刺加国王拜里迷苏拉曾将明成祖赠送的金龙文笺在山上勒石树碑，后改名为圣保罗山)，建于1521年，为葡萄牙人所建。著名传教士圣方济各埋葬于此，教堂前竖有圣芳济各神父塑像。

1670年荷兰人占领马六甲后，将教堂用作城堡，今天在外墙上仍可见到不少子弹孔。1753年，荷兰人另建了一座教堂，而圣保罗教堂则做为荷兰贵族的墓地，现在仍保留了一些刻有拉丁文和葡萄牙文的墓碑。

教 堂前立着一尊白色雕象，他是葡萄牙传教士圣方济。他于1553年死后曾葬在此地，传说其死后肉身不腐，荷兰人不信，起其尸体，斩其右手，果然血流如注，荷 兰人大惊之余，视其为神圣，遂把他的尸体移葬于印度的果亚，并在教堂前立起他的塑像。不过塑像没有右手臂。每到周末，荷兰人的后裔便到此祭拜。